Para exibir o menu de categorias do Magento acesse no menu principal do painel de administração Catálogo->Gerenciar Categorias.
Clique em Add Root Category, digite um nome (por exemplo menuRoot), selecione a opção sim em Is Anchor e clique em Salvar Categoria.
Crie as demais categorias e arraste-as para a categoria criada anteriormente (no caso menuRoot) a fim de formar uma hierarquia garantindo todas abaixo do rootMenu.
Teste o site, muitas vezes isso já suficiente para exibir o menu mas caso ele ainda não possa ser visualizado no página inicial de sua loja faça o seguinte:
no painel de administração acesse no menu principal Sistema->Gerenciar Lojas e clique no link do Nome da Loja (link central), selecione a opção menuRoot (ou procure pelo nome criado acima) em Categoria Root e clique em Gravar Loja.
Teste e verifique se o menu agora está aparecendo, em caso negativo revise os passos acima para garantir que não ficou faltando nenhuma configuração.